Όλοι οι χρήστες του Facebook Messenger θα μπορούν να εφαρμόζουν όρους κρυπτογράφησης στην μεταξύ τους επικοινωνία. 

Το νέο στοιχείο που αναμένεται να προστεθεί στις υπηρεσίες που προσφέρει ο Facebook Messenger είναι τα Secret Conversations, το οποίο ήταν αρχικά διαθέσιμο σε ορισμένους μόνο χρήστες, ενώ τώρα θα γίνει σταδιακά διαθέσιμο και στα 900 εκατομμύρια χρήστες της υπηρεσίας ανταλλαγής άμεσων μηνυμάτων του Facebook. Με τη λειτουργία αυτή, η επικοινωνία μεταξύ δύο χρηστών του Facebook Messenger θα είναι κρυπτογραφημένη και μόνο οι συνομιλητές θα μπορούν να δουν τα μηνύματά τους.

Το Secret Conversations θα επιτρέπει και τη θέσπιση ενός χρονικού ορίου αναφορικά με το πόσο θα είναι διαθέσιμα τα μηνύματα που αποστέλλονται μεταξύ δύο χρηστών. Η κρυπτογράφηση των συνομιλιών δεν θα είναι εξ’ορισμού ενεργοποιημένη, αλλά θα μπορεί να την επιλέξουν τα δύο μέρη, αφότου ξεκινήσουν να μιλούν, από το πεδίο των ρυθμίσεων στα δεξιά. Η επιλογή της κρυπτογραφημένης συνομιλίας θα είναι σταδιακά διαθέσιμη σε όλους τους χρήστες του Facebook Messenger και σε όλες τις εκδόσεις της εφαρμογής, μέσα από ένα update που θα γίνει διαθέσιμο από την υπηρεσία.

Παρόλο που η δυνατότητα της κρυπτογράφησης των επικοινωνιών μέσω Facebook Messenger είναι καλοδεχούμενη, υπάρχουν φωνές που μιλούν για το ενδεχόμενο κακόβουλης χρήσης από τρομοκράτες και άλλες ομάδες εγκληματιών.